Uprava za sanitarnu inspekciju obavlja inspekcijske, upravne i druge poslove vezane za nadzor nad provođenjem zakona, drugih propisa i općih akata u području sanitarnog nadzora;

• obavlja inspekcijske, upravne i druge poslove koji se odnose na zaštitu pučanstva od zaraznih bolesti, ionizirajućih i neionizirajućih zračenja, primjene Zakona o genetski modificiranim organizmima na zdravstvenu ispravnost hrane u okviru nadležnosti i predmeta opće uporabe te na proizvodnju, promet, uporabu i zbrinjavanje kemikalija, biocidnih pripravaka i drugih tvari štetnih po zdravlje ljudi;
• obavlja inspekcijski nadzor nad izgradnjom građevina koje podliježu sanitarnom nadzoru;
• provodi sanitarni nadzor nad uvozom hrane i predmeta opće uporabe kao i sirovina za njihovu proizvodnju u vezi s udovoljavanjem uvjetima zdravstvene ispravnosti;
• provodi sanitarni nadzor nad uvozom, prijevozom i provozom preko teritorija Republike Hrvatske kemikalija, biocidnih pripravaka, radioaktivnih tvari i drugih štetnih tvari po zdravlje ljudi te sanitarni nadzor nad osobama i njihovim stvarima pri prelasku državne granice u svrhu zaštite pučanstva od zaraznih bolesti;
• surađuje s drugim tijelima državne uprave na području zaštite zdravlja pučanstva te zaštite i unaprjeđenja zdravog okoliša;
• predlaže mjere za unaprjeđenje stanja;
• priprema prijedloge nacrta zakona i drugih propisa iz djelokruga rada Uprave;
• daje stručna mišljenja o načinu njihove provedbe;
• podnosi izvješća o učinjenom u kvantitativnom i kvalitativnom smislu;
• sudjeluje u izradi strateškog plana Ministarstva, definira i predlaže strateške ciljeve, prati pokazatelje uspješnosti iz svoga djelokruga rada, nadzire provedu postavljenih strateških ciljeva, izvješćuje o realizaciji postavljenih ciljeva i utvrđuje rizike, surađuje s unutarnjim ustrojstvenim jedinicama, a osobito sa službom nadležnom za državni proračun vezano za korištenje sredstava iz programa Europske unije;
• brine da svaki rashod bude opravdan stvarnom potrebom i potvrđen prethodnom kontrolom.